腭裂是一种常见的先天性畸形。绝大多数腭裂的发生是遗传与环境两种因素共同作用的结果，环境因素如怀孕期呕吐和偏食造成营养缺乏、母体遇到某种损伤、病毒感染(如风疹等)、怀孕期使用某些有致畸作用的药物或接触放射线以及因怀孕期一些不良刺激导致内分泌紊乱等，皆可扰乱胚胎生长发育的环境，影响腭部的发育，导致腭裂的发生。
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