西医的一般理论认为，复发性口腔溃疡首先与免疫有着很密切的关系。有的患者表现为免疫缺陷，有的患者则表现为自身免疫反应，也就是由于各种因素，使人体正常的免疫系统，对自身组织抗原，产生免疫反映，而引起组织的破坏而发病。其次是与遗传有关系，在临床中，复发性口腔溃疡的发病，有明显的家族遗传倾向，我们常常看到，父母一方或多方若患有复发性口腔溃疡，那么，他们的子女就比一般人更容易患病。另外，复发性口腔溃疡的发作，常常还与一些疾病或症状有关，比如消化系统疾病胃溃疡，十二指肠溃疡，慢性或迁延性肝炎，结肠炎等，另外贫血，偏食，消化不良，腹泻，发热，睡眠不足，过度疲劳，精神紧张，工作压力大、月经周期的改变等等。随着一种或多种因素的活跃、交替、重叠就出现机体免疫力下降，免疫功能紊乱，也就造成了复发性口腔溃疡的频繁发作。

中医学称为“口疮”、“口疡”，认为本病多由心脾积热、胃火上炎、阴虚火旺、脾虚湿盛引起。

临床西医治疗此病以补充维生素及消炎为主，中医治疗以清胃火为主，但都疗效欠佳且大多数患者的口腔溃疡会在很短的时间内反复发作。根据中医理论，复发性口腔溃疡是因七情内伤，素体虚弱，外感六淫之邪，致使肝郁气滞，郁热化火，心火炽盛，胃火上攻，心肾不交，虚火上炎熏蒸于口而发病。要想治愈此病，必须从根本上进行治疗，为彻底治愈复发性口腔溃疡这一顽固性疾病，并使患者在治愈后不再复发。